Нет, второй магазин считаться подразделением не будет. Обособленные подразделения, равно как и филиалы могут быть только у юридических лиц (ст. 55 ГК РФ). Коммерсант не потеряет право на УСН из-за одно лишь факта появления второго магазина. Только если общий доход превысит установленный лимит (в 2009 году – 30,76 млн руб.), либо будет нарушено ограничение по численности сотрудников (100 человек), либо по стоимости имущества (100 млн руб.). ИП вправе работать в любом регионе, он может открыть магазин и продолжать работать, сдавать отчетность и отчитываться по налогам он продолжит в инспекции по месту жительства. Исключение – когда деятельность в регионе подпадает под ЕНВД.