Налоговая служба со ссылкой на письмо ФНС от 27 декабря 2023 года № БВ-4-7/16343@ отметила, что наличие положительного сальдо ЕНС на момент представления уточненки к доплате, может рассматриваться как смягчающее обстоятельство. Данный факт дает возможность осуществить снижение размера штрафа пропорционально соотношению суммы налога к доплате к сумме положительного сальдо ЕНС.
Если такая уточненка подана после срока уплаты налога, то кроме штрафа предусмотрено дополнительное начисление пеней (Постановление КС РФ от 17.12.1996 № 20-П; Определения КС РФ от 28.05.2020 № 1115-О, от 28.03.2024 № 603-О, от 25.06.2024 № 1726-О и др.).
Со свежим мнением суда по данному вопросу можно ознакомиться но в системе КонсультантПлюс. Попробуйте пользоваться системой, подключив бесплатный доступ на 2 дня или узнайте цену постоянного использования КонсультантПлюс по ссылке
Таким образом, в случае, если у налогоплательщика на момент подачи уточненки к доплате имеется положительное сальдо ЕНС, то санкции будут включать штраф, рассчитанный с учетом смягчающих обстоятельств, и пеней - за потерю бюджетом сумм недоплаченного налога.