Минфин России в письме от 03.09.2021 № 03-07-11/71588 напоминает, что в соответствии с абз. 4 п. 4 ст. 170 НК РФ, суммы НДС, предъявленные налогоплательщикам по товарам (работам, услугам), которые используются как для облагаемых данным налогом, так и освобожденным от него операциям, принимаются к вычету (либо учитываются в стоимости таких товаров, работ или услуг) в той пропорции, в которой данные товары (работы, услуги) используются для производства или реализации товаров в рамках налогооблагаемых (освобожденных от налогообложения) операций.
При этом, указывает ведомство, при определении указанной пропорции учитывается в том числе стоимость работ (услуг), источником финансового обеспечения которых является субсидия из федерального бюджета. То есть, каких-либо особенностей в отношении принятия таких расходов к вычету по операциям, попадающим под обложение НДС, в данном случае не предусматривается.