Минфин России в письме от 28.04.2021 № 03-02-11/32596 напоминает, что в соответствии с п. 6 ст. 78 НК РФ, возврат налогоплательщику суммы излишне уплаченного налога при наличии у него недоимки по иным налогам (как и задолженностей по пеням и штрафам) производится только после зачета суммы излишне уплаченного налога в счет погашения недоимки (задолженности).
В октябре 2020 года правила зачета налоговых переплат в счет погашения недоимок заметно изменились. По общему правилу, налоговые инспекции самостоятельно производят зачет переплат по налогам в счет погашения недоимок и задолженностей по иным платежам в бюджет. Вместе с тем, налогоплательщик имеет право сам заявить в ИФНС о зачете переплат в течение 3 лет с момента возникновения переплаты.