Контролирующий орган отметил, что на основании ст. 81 НК РФ налогоплательщики вправе подавать уточненные декларации или расчеты при обнаружении недостоверных сведений, не приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, и это право не ограничено сроком.
Вместе с тем, ст. 88 НК РФ не предусмотрены ограничения относительно полноты проверки уточненных деклараций или расчетов, в частности, представленных по истечении трехлетнего срока. Следовательно, независимо от срока представления уточненной декларации или расчета налоговый орган должен провести камеральную проверку с оформлением результатов в рамках НК РФ.
Однако ФНС отмечает, что декларации и расчеты, направленные по истечению трех лет, отражаются в АИС «Налог-3» в особом порядке:
- в отдельной ветке системы «Налоговое администрирование\Контрольная работа (налоговые проверки) \121. Камеральная налоговая проверка\071. Реестр деклараций с истекшим сроком давности»,
- в автоматизированном режиме проводка на ЕНС осуществляется только по строкам начисления «к уплате/доплате».,
- на основании Служебной записки - проводка строк начислений «к уменьшению».
При этом, начисления по указанным Служебным запискам отражаются на ЕНС как текущая переплата, которая засчитывается в счет погашения текущих недоимок, а при отсутствии задолженности формирует положительное сальдо ЕНС и может быть возвращена налогоплательщику.
Однако такой возврат осуществляется, если со дня истечения срока уплаты до дня подачи уточненной налоговой декларации или расчета прошло более трех лет на основании:
- решения суда о восстановлении пропущенного срока, если причины его пропуска признаны судом уважительными,
- действий налогового органа по перерасчету сумм налогов, сборов, страховых взносов по основаниям, предусмотренным НК РФ.
Таким образом, уменьшение ЕНС за периоды с истекшим сроком исковой давности допускается при наличии судебных актов, из которых прямо или косвенно следует вывод о необходимости восстановления пропущенного срока.