Минфин России в письме от 19.01.2021 № 03-03-06/1/2148 указывает, что положениями абз. 5 п. 1.7 ст. 284 НК РФ предусмотрено, что в случае расторжения договора об условиях деятельности в свободной экономической зоне (СЭЗ) по решению суда, сумма налога на прибыль организаций подлежит исчислению и уплате в бюджет.
При этом, указывает ведомство, исчисление налога производится без учета применения пониженных ставок, предусмотренных п. 1.7 ст. 284 НК РФ, за весь период реализации инвестиционного проекта в СЭЗ.
Исчисленная сумма налога на прибыль организаций подлежит уплате по истечении отчетного или налогового периода, в котором был расторгнут договор об условиях деятельности в СЭЗ, не позднее сроков, установленных для уплаты авансовых платежей по налогу за отчетный период или уплаты налога за налоговый период в соответствии с абз. 1 и 2 п. 1 ст. 287 НК РФ.
Приведенные выше нормы НК РФ вступили в силу с 01.01.2019 (на основании Федерального закона от 03.08.2018 № 297-ФЗ), в то время как в Федеральном законе № 297-ФЗ отсутствуют переходные положения в отношении договоров на деятельность в СЭЗ, заключенных до 01.01.2019 года.
В связи с этим, пишет Минфин, налогоплательщик обязан в случае расторжения таких договоров по решению суда восстановить и уплатить сумму налога на прибыль, начиная с момента применения пониженных ставок по данному налогу.