Форма оплаты (наличная или безналичная) ничего не изменит. Вы продолжите уплачивать «вмененный» налог в обычном порядке.
Покупателю нужно выдать счет на оплату товара, где будет указываться количество, цена. На основании этого счета клиент перечислит деньги. После оплаты вместе с товаром ему следует выдать товарный чек. Дело в том, что на ЕНВД к розничной торговле относятся сделки по договорам розничной купли-продажи. Такой договор можно не оформлять, он считается заключенным с момента выдачи клиенту кассового или товарного чека (ст. 493 ГК РФ). То есть, выдав товарный чек, вы соблюдаете требование закона: товар реализован в рамках договора розничной купли-продажи, соответственно вы не лишаетесь права на «вмененку».
Кассовый чек в данной ситуации не пробивается. Счет-фактуру (в том числе с выделенной суммой НДС) и товарную накладную оформлять не нужно. При торговле в розницу эти документы не составляются и вполне могут стать причиной требования инспекторов заплатить с безналичной продажи НДФЛ.