Да. При этом с клиентами нужно заключать договор транспортной экспедиции (ст. 801 ГК РФ) по которому одна сторона (экспедитор) обязуется за вознаграждение и за счет другой стороны (клиента) выполнить услуги, связанные с перевозкой груза. То есть по такому договору экспедитор должен организовать перевозку груза. Как именно он выполнит свои обязанности прописывается в договоре (собственным транспортом или заключив договор на доставку с третьей стороной, по собственному маршруту или избранным клиентом и пр.). Важно – договор оформляется письменно.
Если вы будете работать по договору перевозки (ст. 785 ГК РФ) тогда придется уплачивать ЕНВД. В Таганроге услуги по перевозке пассажиров и грузов переведены на ЕНВД (решение Городской Думы города Таганрога от 24 ноября 2005 г. № 145). По договору перевозки перевозчик обязуется доставить вверенный ему отправителем груз в пункт назначения и выдать его получателю. Письменное оформление такого договора не обязательно, достаточно составление и выдачи транспортной накладной на груз.
Если планируете работу в другом регионе, необходимо смотреть местное законодательство. Если там услуги по перевозке на ЕНВД не переведены, тогда вы вправе применять УСН независимо от того какой договор оформляется. В противном случае, чтобы сохранить «упрощенку» заключайте договор транспортной экспедиции.