В письме от 30 декабря 2015 г. № БС-4-11/23300@ ФНС России напомнила порядок уплаты НДФЛ обособленными подразделениями. С учетом изменений, внесенных Федеральным законом от 28 ноября 2015 г. № 327-ФЗ, сумма налога, подлежащая уплате по месту нахождения подразделения, определяется исходя из суммы дохода, начисляемого и выплачиваемого работникам этого подразделения, а также исходя из сумм доходов, начисляемых и выплачиваемых по договорам гражданско-правового характера, заключаемым с физлицами обособленным подразделением организации, пишет audit-it.ru.
Таким образом, сумма НДФЛ, исчисленного и удержанного с выплат физлицам - работникам обособленных подразделений, должна быть перечислена в бюджет по месту учета в налоговом органе соответствующего обособленного подразделения независимо от того, имеет оно отдельный баланс и корреспондентский счет или нет.
Изложенный порядок применяется независимо от того, выполняются работы в таком обособленном подразделении по трудовым договорам или договорам гражданско-правового характера. Если физическим лицам, работающим в территориально обособленном подразделении по трудовым договорам, производятся также выплаты по гражданско-правовым договорам, суммы НДФЛ, удержанного с таких выплат, перечисляются в бюджет по месту учета в налоговом органе обособленного подразделения.
Начиная с 2016 года налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, представляют 2-НДФЛ и 6-НДФЛ в отношении работников этих подразделений в налоговый орган по месту их учета, а также в отношении физлиц, получивших доходы по договорам гражданско-правового характера, в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений, заключивших такие договоры от имени организации. Исходя из формулировки ФНС можно прийти к выводу, что это касается также и 2-НДФЛ за 2015 год.